やっと解決

ScriptaculousのSortableでのバグですが、

やっと解決できました！！
dragdrop.jsの675行目〜のonHoverを改良するとOKみたいです。

675: onHover: function(element, dropon, overlap) {
676: if(Element.isParent(dropon, element)) return;
//以下の2行を追加してください。
677: if(element.parentNode.offsetHeight > element.offsetTop) return;
678: if(element.parentNode.offsetWidth > element.offsetLeft) return;

これで、Sortableで複数のボックス間を移動させるとき
ドラッグ中に移動中のアイテムがいきなり消える！！という
厄介なバグが解消できます。

この改良で問題が発生しても責任は取りませんが、
教えてくれれば協力はするかもしれません。

これのおかげでだいぶ勉強になったかもlol

追記 上記のコードは問題があったので修正

675: onHover: function(element, dropon, overlap) {
676: if(Element.isParent(dropon, element)) return;
//以下の4行を追加してください。
677: if(dropon.parentNode!=element.parentNode){
678: if(dropon.parentNode.offsetHeight < dropon.offsetTop) return;
679: if(dropon.parentNode.offsetWidth < dropon.offsetLeft) return;
680: }

これで完璧！！・・・だといいけど^^;

追記 スクロールに対応

675: onHover: function(element, dropon, overlap) {
676: if(Element.isParent(dropon, element)) return;
//以下の4行を追加してください。
677: if(dropon.parentNode!=element.parentNode){
678:   if(dropon.parentNode.offsetHeight - dropon.parentNode.scrollTop
                                         < dropon.offsetTop) return;
679:   if(dropon.parentNode.offsetWidth - dropon.parentNode.scrollLeft
                                         < dropon.offsetLeft) return;
680: }